Fassbender menetap di Hackney, London, sejak 1996[55][56][57] dalam sebuah flat yang telah dimilikinya sejak berusia akhir 20-an.[58] Beliau fasih berbahasa Jerman dan pernah menyatakan minatnya untuk berlakon dalam filem mahupun pementasan bahasa Jerman.[59]

Walaupun cenderung untuk merahsiakan kehidupan peribadinya,[60] Fassbender menyatakan menerusi temubual bersama GQ pada tahun 2012, bahawa beliau sedang bersama pelakon Nicole Beharie, selepas bekerjasama dalam filem Shame.[61] Pada Disember 2014, beliau mula berhubungan dengan pelakon Sweden, Alicia Vikander. Mereka berkenalan di penggambaran filem The Light Between Oceans.[62][63] Mereka berdua kemudiannya berkahwin dalam satu majlis tertutup pada 14 Oktober 2017 di Ibiza, Sepanyol.[64]